大量健康功效都与益生菌的使用有关。​ ​

当前研究比较大量且使用比较广泛的是双歧杆菌和乳酸杆菌，它们通常被认为是「健康的」菌群组合。​ ​

益生菌对健康的益处具有菌株特定性，同一属甚至同一品种内的益生菌都不一定会提供同样的益处，比如：​ ​

长双歧杆菌BB536——支持肠道健康​

植物乳杆菌299v——促进铁吸收 ​